En 1915, le Département de justice et police de l’Etat de Genève remet au musée, avec d’autres objets provenant de la prison de l’Evêché, un objet à la dimension symbolique très forte : la guillotine de Genève, devenue inutile depuis l’abolition de la peine de mort en 1871. La guillotine a subi quelques transformations depuis sa mise hors service : certaines parties des montants ne semblent plus d’origine, la manivelle et le treuil qui servaient à hisser le couperet, ainsi que la poulie à laquelle il était rattaché, et la planche à bascule sur laquelle s’allongeait le condamné, ont disparu. Sur le bloc rectangulaire de plomb vissé sur le mouton, la pièce en bois au-dessus du couperet, la mention "Fait en 1799, an 7, R[épublique] F[rançaise]" est peinte en noir sur fond rouge. La République de Genève, rattachée de force à la France le 26 avril 1798, devient le chef-lieu du département du Léman où le Code pénal de 1791 s’applique désormais. Celui-ci instaure un seul mode d’exécution capitale : la guillotine. La réalisation de la guillotine et de son échafaud, qui la fait culminer à 6 mètres de haut, est confiée au maître charpentier Jean-François Boiteux. Un serrurier, un forgeron et un sellier prennent part également à la réalisation des différents éléments constitutifs. La guillotine est peinte en rouge et installée le 16 mai 1799 sur la place de la porte de Neuve. De 1799 à 1813 elle sera utilisée pour décapiter 33 personnes, dont une femme, condamnés à mort. Après la Révolution et le départ des Français, elle reste en activité jusqu’en 1871. En 1836 elle servit de modèle au mécanicien Johann Bücheler pour construire celles des cantons de Zurich et Lucerne, cette dernière étant conservée aujourd’hui au Musée historique de Lucerne.